ก่อนสมัยอยุธยายังไม่มีหน่วยงานนี้เก็บภาษี อีกทั้งยังไม่มีการตั้งสินค้าต้องห้ามตราบจนสมัยอยุธยาในรัชสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ จึงได้ตั้งพระคลังสินค้าขึ้นโดยให้สังกัดกรมพระคลัง หนึ่งในจตุสดมภ์ มีหน้าที่รับซื้อและเก็บสินค้าต้องห้าม เช่น อาวุธ กฤษณา ฝาง ดีบุก นฤมาต งาช้าง ไม้จันทน์ ละไม้หอม โดยกำหนดให้ประชาชนขายให้กับพระคลังสินค้าเท่านั้น และทำหน้าที่นำสินค้าเหล่านี้ไปขายกับต่างประเทศโดยทางสำเภา หรือขายให้กับชาวต่างชาติทีเข้ามาซื้อ นับเป็นหน่วยงานที่สร้างรายได้ให้กับราชสำนักอย่างมาก
จนมาในสมัยรัตนโกสินทร์ การค้ากับต่างประเทศเฟื่องฟูขึ้นแต่ทว่าต่างชาตินั้นไม่พอใจในระบบพระคลังสินค้าของไทยอย่างมาก ซึ่งทำให้สินค้าราคาแพง ในพ.ศ. 2369 ในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 3) ไทยก็ได้ทำสัญญาเบอร์นี ทำให้ไทยต้องยกเลิกพระคลังสินค้า รัชกาลที่ 3จึงทรงแก้ปัญหาโดยการตั้งระบบเจ้าภาษีนายอากร โดยให้เอกชนเข้ามาประมูลภาษีสินค้าแต่ละชนิดรับหน้าที่เก็บภาษีแทนรัฐ โดยเอกชนจะจ่ายเงินภาษีที่ประมูลแก่รัฐเป็นรายปี และให้ประชาชนไปขายสินค้าแก่เจ้าภาษีนายอากรแทน ตราบจนสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 4) อังกฤษได้ส่งเซอร์ จอห์น เบาริงมาไทยในพ.ศ. 2398 เพื่อเรียกร้องให้เลิกระบบเจ้าภาษีนายอากร รัชกาลที่4จึงทรงยินยอมทำสัญญาเบาริงกับอังกฤษ มีผลให้การค้ากับต่างประเทศรุ่งเรืองขึ้น ส่วนระบบเจ้าภาษีนายอากรก็ลดบทบาทลงไป
จนสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 5) ระบบเจ้าภาษีนายอากรนั้นไม่มีประสิทธิภาพ มีการทุจริตภาษี การเก็บภาษีก็กระจัดกระจายไปตามกรมต่างๆ อีกทั้งการทำบัญชีก็ไม่เรียบร้อย จึงนำไปสู่การปฏิรูปภาษีอากร โดยทรงจัดตั้งหอรัษฎากรพิพัฒน์ขึ้น เพื่อรวบรวมการเก็บภาษีทั้งหมดไว้ที่หน่วยงานนี้ โดยตราพรบ.สำหรับหอรัษฎากรพิพัฒน์ พ.ศ. 2416โดยสังกัดกระทรงพระคลังมหาสมบัติ
นอกจากนี้ ก็ทรงออกพรบ.เจ้าภาษีอากร พ.ศ.2416 และพรบ.ภาษีอากร พ.ศ. 2435 โดยวางกฎเกณฑ์การเก็บภาษี การประมูลภาษี การส่งเงินประมูล และการลงโทษผู้เป็นหนี้หลวง(ผู้ที่ไม่จ่ายภาษี) และยังมีการวางระเบียบเพิ่มเติม เพื่อให้การเก็บภาษีอากรรัดกุมยิ่งขึ้น เช่น พรบ.เพิ่มเติมภาษีภาษีอากร ร.ศ. 124 (พ.ศ. 2449) แก้ไขการประมูลภาษีในกรุงเทพ ต่อมาก็ทรงพยายามยกเลิกระบบเจ้าภาษีนายอากรโดยใช้กฏเกณฑ์เร่งรัดเงินภาษีอย่างเต็มเม็ดเต็มหน่วย จึงไม่มีใครกล้าประมูล ส่วนเจ้าภาษีที่ส่งเงินไม่ครบและทำความผิดก็จะถูกปลด โดยรัฐจะเก็บภาษีชนิดนั้นๆเอง จนจำนวนเจ้าภาษีนายอากรก็ลดลงจนหมดไป และเมื่อทรงตั้งมณฑลเทศาภิบาลแล้ว ก็ได้ทดลองให้มณฑลเทศาภิบาลทำหน้าที่เก็บภาษีแทน โดยทดลองที่มณฑลปราจีนบุรีก่อน เมื่อได้ผลดีจึงได้ใช้ระบบนี้ที่มณฑลอื่นๆ
ส่วนการทำบัญชี ก็ได้ทรงตั้งกรมบัญชีกลางขึ้น ในพ.ศ. 2458 เพื่อรวบรวมบัญชีเงินรายได้และรายจ่ายทั้งหมด
ต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 6)จึงได้ยกเลิกการเก็บภาษีโดยมณฑลเทศาภิบาลและได้ให้ส่วนกลางเก็บแทนในวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2458 ต่อมาทรงรวมกรมสรรพากรในและนอก ซึ่งสังกัดกระทรวงนครบาลและมหาดไทยในสมัยรัชกาลที่5 เป็นกรมสรรพากร และให้สังกัดกระทรวงพระคลังมหาสมบัติ ส่วนการเก็บภาษีขาเข้าขาออก หรือภาษีศุลกากร ก็ได้ตั้งกรมศุลกากรขึ้น เพื่อทำหน้าที่เก็บภาษีนี้ในพ.ศ. 2469
